我指着说明书说道:“商业化的试剂盒通常将反转录组分预混成Master Mix,极大提高了操作的便捷性和结果的重复性。研究者只需加入模板RNA和引物即可。但是手上操作方便了不代表思考方面可以偷懒。目前我们可以用Oligo(dT)、随机六聚体、基因特异性引物(Gene-Specific Primer, GSP)作为反转录引物,但它们各有用途。 其中,Oligo(dT)由12-18个脱氧胸苷酸组成,通过与真核mRNA 3'末端的poly(A)尾特异性互补配对而结合。但是Oligo(dT)仅反转录带poly(A)尾的mRNA,对于原核生物无poly(A)尾的mRNA,它并不适用。 而随机六聚体是由4⁶ = 4096种可能的六碱基序列组成的混合物。它们可以随机结合在任何RNA链的任何位置。其通用性强可反转录所有RNA,包括mRNA、rRNA、tRNA、病毒RNA、 miRNA等。适用于任何物种。另外,对降解RNA兼容性好:即使RNA已断裂成片段,随机引物仍能结合并启动反转录,提供更稳健的结果。但其也有缺点,比如背景信号较高:会反转录所有RNA,包括不关心的rRNA,可能稀释目的cDNA的比例。 GSP则是一条根据目标RNA序列精心设计的反义DNA寡核苷酸引物(通常18-25 nt),能特异性地与目的RNA的特定区域互补结合。仅反转录目标RNA且反转效率最高。缺点是成本较高,每个靶基因都需要合成一条特异性引物。” |