更便宜的基因组合可有效替代全基因组测序

幸福侠侣

约10%有乳腺癌或卵巢癌个人病史或家族病史的妇女有至少一个基因突变，如果知道的话将提醒她们的医生建议改变护理方案。

多基因测序正在投入实用，但其临床价值尚不得而知，现在已通过研究定制的种系-DNA测序组合试剂盒的性能评估了它的临床价值，该试剂盒的用途是在典型的临床样本里评估癌症风险。

美国加利福尼亚州斯坦福大学医学院的科学家收集了198名妇女的血样，她们在2002年至2012年间接受了乳腺癌早发基因1 (BRCA1)和BRCA2的检验。科学家用一份血样通过基因组合可以同时了解几个基因的序列。人类共有大约21,000个基因，这项技术考查的通常少于100个基因。

在美国加利福尼亚州旧金山市的InVitae实验室执行测序，这是一家经过临床实验室改进修正案(CLIA)认证的实验室。用安捷伦公司(Santa Clara, CA, USA)的SureSelectXT协议构建测序文库，并用KAPA生物系统公司(Woburn, MA, USA)的文库量化试剂盒量化之。用安捷伦公司的Bravo自动化液体处理平台自动执行这些步骤。在Illumina公司(San Diego, CA, USA)的MiSeq平台上采用2×151碱基对的配置对量化后的文库进行测序，达到至少400倍的平均覆盖度。

198名妇女中的57人携带BRCA1/2突变，组合试剂盒评估了42个基因，科研小组发现，没有BRCA1/2突变的141名妇女中有14人其中一个基因有可采取临床行动的突变。可行动突变与风险升高的关联度强到足以让临床医师建议改变日常护理，如更频繁地筛查携带者。然而，使用基因组合的筛查并未消除意义不明变异的问题。这一术语是指一个基因序列偏离群体但这一变化的临床作用未知。所研究的42个基因中，141名妇女每个人都有大约两个意义不明的变异。

该研究的论文发表于2014年4月14日的《肿瘤学杂志》(Journal of Oncology)。资深作者James Ford大夫说：“当前是一个困难时期。我们需要知道普通人群中这些癌症相关突变的发生率。我们还需要意识到，很可能每个人都携带一个或多个意义不明变异，且至少要持续一段时间。这一信息是人们想知道的吗？它有帮助吗？10年后，随着我们更多了解这些变化的临床意义，情况可能改观。”