如何看待科研同行致信Pubpeer平台质疑对董晨文章的质疑？

风云

近期在科研圈流出了一封科研同行写给Pubpeer平台的信（见下图），就清华大学医学院董晨文章造假一事进行了评论，并质疑了针对董晨文章的质疑者，请问大家怎么看？
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大致翻译了一下这封信，基本机翻，没有原文的韵味，但是大致的意思在，大家可以凑合着看：
谨慎使用Pubpeer的调查能力
亲爱的Pubpeer管理员：
当学术界敬畏地注视着你们网站的变革性工作时，我们对你们大胆的努力给予支持，以解决困扰我们太久的重复性和数据操纵方面的严重问题。
由于科学正在进行自我净化，必须忍受的痛苦可能比我们的学术圈准备承受的更多，但这完全是合理的。奇怪的是，作为你们呼吁诚信的意外结果，论坛开始充斥着某些本身值得质疑的质疑。在某种程度上，你们的工作方法如果有不谨慎和不适当的运用，效果会适得其反，使个人攻击的瘴气弥漫在充满活力的科学交流场所。
虽然滥用已是普遍现象，但最近一个涉及我们领域一位科学家的例子已把这一信息响亮而明确地传达给了大家。这里的例子是董晨实验室所发表文章中一些图片上的问题，这些问题突然异常大量集中的出现。 董晨是建立TH17 T细胞生物学基础的免疫学家。这并不是说，具有很大贡献的科学家就不会出现偶尔的错误，也不能保证他/她的表现从此以往绝对无懈可击。然而，指控必须有确凿的证据。不幸的是，这个例子中质疑本身需要仔细审查。
在Pubpeer上，他的实验室发表的20多篇文章被质疑。从该领域同行的角度来看，以下这些属于捕风捉影的范畴。首先，质疑者似乎并不熟悉常规实验。对于流式细胞分析，其标准操作是使用不同的门对FACS图中非同类标记的细胞数进行计数从而来获取结果，我们每个人都是这样做的。其他指控是关于凝胶图像的质量，没有明显理由的情况下暗示其对数据进行了操控，尤其是那些在很久以前，在Photoshop出现之前获得的图像。也许最令人反感的是，质疑者重新剪辑了文章原始出版的图片，以施加伪造感；或提供了误导信息，比如将RNA定量的结果作为FACS数据从而进行质疑。
我们并不是说，这个实验室出来的每个图像都没有任何迹象的错误。另一方面，也不能保证实验室里的每一个人都没有做过任何被多次自我检查和同行评审所忽视的不恰当的事情。 如果这种非常规现象的数量足够小，科学家就应该给与自我纠正的喘息空间。不幸的是，随着网络媒体的过度介入，这一事件已经给这位科学家投下了负面的阴影。
我们认为，你们已经认识到了这类问题，并在积极地进行调解。由于上述事件产生了放大的连锁反应，我们要求你们以更大的紧迫感来看待这个问题。虽然我们支持你们的努力和对改革的推动，但如果不谨慎行事，最初的设想可能会改变，并逐渐沦落为学术界的伤害工具。如果Pubpeer被人操纵而偏离其初心，它将丧失其在科学研究方面的进步价值。因此，为了保持你们的高尚目标得以实现并且保持一个健康环境，那些不是以促进科学进步为目的的动机一旦确定，请及时做出一个合理的判断予以清除。
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原文地址：https://www.zhihu.com/question/405302187

队长是我

看到七月初众多新闻媒体报道Pubpeer平台上有人质疑董晨院士20余年论文及媒体标题直接就以“造假”定性的文章，感到很震惊。因为也同为医药界人士，有同行课题组做的工作都是基于董晨院士免疫T细胞TH17相关的基础与临床结合的内容，也取得一系列重要研究成果，发表了高分值的学术论文。所以从一开始就觉得这个“暴雷”不可信。看到董晨院士很快就及时回复了所有质疑，清者自清。随着事件的进一步发展和事实的澄清，很多事情值得我们深思。
质疑者所集中提出的几个方面的问题并不专业，有贻笑大方之嫌，就好比脑外科住院患者出院，家属认为住院费高，质疑医生头颅垂体检查为什么选择磁共振而不选更便宜的ct检查，认定医生一定是开大处方大检查一样。在自己不懂的专业里指手画脚，且在Pubpeer上匿名提问，真的怀疑质疑者的动机和目的。
Pubpeer平台这次感觉自己可能“很冤”，它哪想到有人会不是以科学的严谨的态度来求真，质疑的呀。它更没想到还没等被质疑者回复，就有中国国内某自媒体兴风作浪，大肆“有罪定论”，直接以“造假”为标题引领一轮高流量网络传播。而中国新闻周刊这样的媒体在对待科学问题上，也同样以报道娱乐圈新闻的作派，跟风炒作，不求真，不求实，只求抓眼球。这也可能是咱们的中国特色，中国科研界长此以往在这样的舆论环境下艰难发展，这也注定是中国科研的悲哀。
这篇科研同行给Pubpeer的信，及时的提出了这次事件造成的不良社会影响以及对董晨院士名誉的极大损害和繁忙科研工作的干扰，值得该平台吸取教训，是否应同样引入同行评议，完善质疑规则，更加注重质疑的科学性，有效性，使之成为全世界科研工作者真正探讨科研学术，追求真理的平台。

大力水手

这些“恶意打假者”实在可恶！以中国现在的舆论环境和民众看热闹不嫌事大的心态，董晨的名誉恐怕数年都难以恢复。谣言永远比辟谣更吸引眼球、传播的广、存在的久。看看知乎就知道了，辟谣贴有几个人关注？

清风寡欲

一直有关注Pubpeer及媒体对董晨文章质疑的消息。从初开始看到媒体标题党报道时的震惊，到pubpeer网站上全面浏览了质疑者所谓的打假言论，再到看完董晨对所有被质疑问题有理有据严谨求实的回复。心情无比复杂。作为免疫领域的科研民工，我有以下几点想说：
1， 董晨文章造假？？不！存！在！
尤其在科学研究领域，造假行为应该是零容忍。科学家应以追求真相为使命，任何造假的动机和行为，都是对这项事业的玷污，对追求真相的同行的侮辱。要证明这些已经被发表，有些成果甚至被引用上千次，被全世界不同实验室都验证过的结论存在伪造或者篡改实验数据的行为，请拿出扎实的证据！到底是图片拼接，一图多用，“酷炫”的PS，还是质疑者为了质疑而制造舆论？被质疑的地方大部分都是关于流式细胞圈门的策略问题。流式圈门不一致不等同于作假（敲黑板）！！尤其作者强调不同样本，不同时间点及不同染色组合本来圈的不一致，是没任何问题的。但是如果图上的点被认为涂抹或者复制粘贴，以及不同样本的点分布有雷同（同一样本不同圈法伪造多样本），如有此类操作，则必定造假。
2，质疑者目的。
研究型学科，需要鼓励科研工作者不畏权威，敢于质疑，自由讨论。科研工作者应该是严谨和诚信的，所以科学家说话一定要负责任。科学的质疑批判要以客观的知识和准确的数据为依据，对于自己没有实践或者不懂的领域不应妄加评论，更不用说有目的的恶意中伤。不管质疑者出于什么目的，只想对质疑者说，建议去学习基础流式细胞圈门的知识，要不然跳出来乱咬人只会让人笑话，甚至会被追究刑事或民事责任。
3，媒体舆论。
如果利用舆论便利的媒体可以直接推论科研大家几十年的研究心血属于造假，进而不明所以的群众跟着群起而攻之，那才是真正的悲哀。当公众能够关注真正的科学，而不是标题党的噱头和花边新闻时，民族才更有希望。作为科研民工，一直以来为自己的课题、经费和文章努力打拼。但是很坚持把科研选择为很有使命感的职业和自己终生的奋斗方向，难道这份使命现在还要再多加一份回应故意捣乱者的质疑？请还科研工作者一方静土！
4，Pubpeer偏离初心。
Pubpeer作为不受官方干扰，不受大学左右的揭弊场所，给科研工作者营造了一个开放性的批判的氛围。质疑与批判是科学可靠性的最后一道防线。真正的科学在取得共识之前，往往都经过质疑和争鸣的过程，没有也不可能一开始讨论就达成共识。但是这么一个畅所欲言的场所如果被处心积虑的人利用，变成“找茬”的游戏，就彻底偏离了初心。因为受害最大的，不是造假大师，而是兢兢业业，恪守科学本分的科研工作者。所以，如果有大量恶意攻击行为存在，pubpeer会如何处理和避免呢？希望这封致pubpeer的信可以收到回复。我们拭目以待！
毫无疑问，一个国家和民族非常需要科学家。因为人类探索自然和认知生命，都离不开科学家。希望董晨老师坚守初心，不断履行自己的职责，期望能做出更多、更好研究继续在免疫领域大放异彩，造福老百姓！

长长的路

以前也没仔细看，反正最近学术圈事多，标题党满天飞。受上面答案启发，翻了翻Pubpeer，发现这篇文章挺有意思。


这个ID就是上面那个答案里集中匿名质疑的两个ID之一，5天之内质疑了5篇董晨参与的文章。特别的是这篇并不是董晨实验室为主，而是美国Biogen公司作为第一单位和主要通讯作者单位，董晨在里面是并列三个通讯作者中间那个，等于打了个不大不小的酱油。既然如此，这个ID在10天前为了科学问题不辞劳苦来探讨这篇12年前主要是老外实验室完成的文章的概率有多大？怎么感觉这些老外们莫名躺枪。好吧，来看看到底质疑了什么？


惊不惊喜，意不意外，又双叒叕是关于流式细胞圈门的技术性问题。
设身处地，如果我是那两个匿名ID，为了凑够20篇这个指标翻遍了发表的200多篇文章，可是所获寥寥。完不成任务怎么办？不急，两步走：第一步先把所有共同作者的文章也捋一遍，比如这篇。然后发现还是不够数，怎么办？第二步利用流式细胞分析这个利器，说圈门有问题，把技术性问题归纳到造假范畴以模糊概念，反正外行也不懂，于是乎顺利完成任务。
可是千算万算没有算到同行并不傻，而且实在看不下去了，比如提问里的信，比如下面这位同行的回答。大致翻译一下这个回答：
“Isocoma Rusbyi, 你认为不同时间点收集的样品应该采用相同的圈门吗？或者你认为所有的动物是在不同天被免疫的，所以它们应该在同一天被处死，细胞在同一天被染色并上机？难道你不认为免疫可能会改变CD4和CD45的表达水平？
CD4和CD45双阳性细胞是个明显独立存在的亚群。我建议你和你的导师或者同事聊一聊关于流式细胞的圈门策略，或者你可以在Researchgate网站上提问来获得帮助？“


此文第一作者也回复了，意思和上面那位路人差不多，就不翻译了。


总而言之，任何受过基础流式细胞培训的专业科研人员都知道这样的圈门完全没有任何技术上的问题，更和造假沾不上半点边。这位路人好心提醒提问者，以为他/她是不懂技术的小白兔，恐怕没想到后面还有这么多见不得人的弯弯绕绕。实际上，小白兔们的效果已经达到，通过类似模糊边界的手法硬生生凑出了20多篇这个数字，于是乎某些媒体和吃瓜群众在不具备专业知识的情况下一听“院士造假”等关键词就集体高潮。并不是专家不能被质疑，实际上Pubpeer上大佬被锤的也很多，但是此锤非彼锤，锤得有理有据自然会让人信服，但是像这样对着空气挥舞着一柄纸锤子只会让人觉得可笑可悲。

清风寡欲

我大致阅读了这封科研同行写给Pubpeer平台的信，发现信息量有点大，这封信不仅表达了科研同行对Pubpeer平台的忧虑，而且还反手对董晨文章的质疑者提出了质疑，大有为董晨鸣不平之意，难道说这个清华大学医学院院长造假的新闻要出现反转了吗？
      由于这件事跟自己的研究领域十分相关，所以本人近期也对这件事产生了极大地兴趣。我相信，在之前，一看到“造假”、“院士”等字样，大多数路过的吃瓜群众都有一种义愤填膺的态度，但本人作为一个在该领域受过科学训练的科研人员，秉着严谨的态度小心求证了一下这件事件的始末，再加上今天看到科研同行给Pubpeer写的信，我觉得这件事情似乎不简单。
       Pubpeer网站近两年在国内真的是很火，时不时各种造假的新闻都会从里面冒出来。最近清华大学医学院董晨的事被曝了出来之后，又引来了各路人员的围观。在Pubpeer这个全球公开的同行评议网站，所有人都可以随意在上面表达自己对已发表文章的看法。也就是说，不管你是不是该领域的研究者，你都能对任何文章进行评论或质疑。我认真看了Pubpeer网站上所有对董晨文章进行质疑的评论，发现到迄今为止，总共有26篇文章（董晨为通讯作者或者共同通讯作者）被质疑有问题，提出质疑的时间线如下图所示：



图1. 文章质疑的时间线

从上图我们可以看出，最早提出质疑是在4月23号，有两篇文章（Nurieva et al., Immunity 2010【1】和 Chung et al. JI 2008【2】）被提出图片不规范。40多天后，也就是从6月5号开始，分别有18篇由质疑者Linaria Rubioides（动物名），5篇由质疑者Isocoma Rusbyi（植物名）提出有问题。这里我想说下这两个质疑者，因为他们都是匿名注册者，所以系统会随机给他们分配一些动物名或植物名。所以，从时间线上可以看出，对董晨文章的质疑主要是从6月15号开始，由两位匿名质疑者Linaria Rubioides和Isocoma Rusbyi集中提出来的。
然后我仔细看了看这两个匿名质疑者对董晨文章提出的问题，发现大多数问题都不是针对科学探究过程，而是纠结于一些实验技术和作图方式，有些问题说是无理取闹也不为过。更有甚者，有的问题居然是质疑者自己私自把图中的对照组截掉，营造出有问题的样子来忽悠群众。比如说在Nurieva et al., Nature 2007【3】 这篇文章中，质疑者Linaria Rubioides提出Figure 2a中最右下角的流式图gating策略有问题，大家可以看下图：



图2. 质疑者的图 v.s. 文章原图

我想从这里大家可以明显看出，如果看右边的文章原图【4】，右下角那个gating策略是和最上面两行质疑者Linaria Rubioides删除的对照组gating策略是一样的，所以文章原图根本不存在所谓gating策略不一致的问题。而匿名质疑者Linaria Rubioides在这里显然是为了提出问题而人为地制造问题，而且另外一名匿名质疑者Isocoma Rusbyi（就是上面时间线中最后5篇文章的质疑者）还在评论下面与之附和（见下图）【3】，有一种肆意引导群众的感觉，让人不得不对这两位匿名质疑者的关系联想翩翩。



图3. 匿名质疑者Isocoma Rusbyi盲目附和匿名质疑者Linaria Rubioides

      说好的院士造假呢？结果我看到的是质疑者自己的造假？这与剧情不符啊！难道匿名者就是自己先造假，然后再打假别人吗？真的有点细思极恐。总的来说，本人私以为这两位匿名质疑者所提出的所谓质疑基本都是无伤大雅的小问题，部分明显是为了提问而提问，根本上升不到造假的程度。所以我觉得这两个匿名质疑者有可能为了凑文章数而使用了多种手段，让人产生董晨很多文章有问题的幻觉。
       不过客观来说，董晨被揭露出来的文章中有几篇确实存在图片重复的问题，他本人回应有的是杂志社那边排版出了问题，自己提交的版本是没有问题的；也有的确实属于人为失误，图片放错了。董晨作为免疫学领域的大牛，以通讯作者的身份在大大小小的杂志中发表了少说也有几百篇文章，每篇文章有几十到几百个figure panels，如今查出来确实有问题的figure panel也是屈指可数。当然，这也提醒我们科研人员，任何时候都需要小心谨慎，避免在投稿过程中把图弄错了，从而招来不必要的质疑。
       然后再回到问题中这封科研同行写给Pubpeer平台的信，细细想来也不无道理。我们作为世界上千万科研工作者中的一员，每天除了面对不确定的课题、繁杂的实验和导师的批判之外，如今还要花时间去应付外界那些不专业的质疑，科研的道路真的是越来越难走了。不可否认，科学诚信的监督确实是必要的，但是这要来自于权威的个人或机构，而不是任何非专业人生都能在暗地里无辜中伤，然后再煽动公众对其名誉造成伤害。我想所有的科研工作者都想拥有一片科研净土，在这片土地上，大家可以基于科学事实实名地相互讨论，甚至是争论，这对促进科学发展都有莫大的帮助。
       最后，我希望大家可以去Pubpeer网站上看看董晨对那些质疑者的回复，写得真的是十分详细认真，有理有据，对每一个问题回答地都很直接，也不含糊其辞。我相信清者自清，清白的人到最后一定可以拿出证据证明自己。我自问是名勤勤恳恳问心无愧的科研搬砖工，但是如果有人拿着放大镜就我发表的每一张图提问题，我在想我是不是也可以做到无懈可击，能够完美自辩清白？甚至能不能在17年后找出今年做的western blot原图回应质疑？
      最后的最后，想说一句话，我们不能容忍任何形式的造假，但也不能冤枉任何一位诚实的科研人员。
参考资料
【1】 https://pubpeer.com/publications/637BD1659BFA12AF3CEE9D297C0E0D
【2】 https://pubpeer.com/publications/C47C534BE612C1D5FB8521BF53A277
【3】 https://pubpeer.com/publications/EFF679CF8280FAF93AA6677C165BDA
【4】 https://www.nature.com/articles/nature05969