体外诊断领域：PCR技术、一代基因测序技术、二代基因测序技术和核酸质谱技术究竟有什么区别和联系？

营养师

RT。
本人文盲

原文地址：https://www.zhihu.com/question/264686302

大力水手

按照技术原理，可以将上市分子诊断技术大致划分为PCR技术、分子杂交、基因测序、核酸质谱、生物芯片5大类

卡卡

随着疫情席卷全球，核酸质谱技术受到了研究人员和厂商的广泛关注。仪器信息网特别采访了中国医学科学院病原生物学研究所的彭俊平研究员，为大家解读核酸质谱技术在病原体检测领域的发展情况~
由于传播途径多样、影响范围广泛，症状发展迅速，传染病仍然是世界范围内引起人类大量死亡的重要原因。21世纪以来多次严重疫情给我们留下深刻印象：一是2003年的“非典”（SARS），二是2009年的甲型H1N1流感（人感染猪流感），再有就是现在席卷全球的新型冠状病毒肺炎疫情。因此，传染病的防控一直是医学科学工作者面临的巨大挑战。其中，对病原体进行快速准确的鉴定是传染病精准防控的基础。
中国医学科学院病原生物学研究所彭俊平研究员自2000年起即深耕于病原体检测技术方法及基因组学、耐药机制相关的研究工作。
近日，仪器信息网特别采访了彭俊平研究员，与他就核酸质谱技术在病原体检测领域的应用现状及前景进行了深入交谈。



中国医学科学院病原生物学研究所 彭俊平研究员

核酸质谱病原体检测

随着各项科学技术的进步，病原体检测技术也在不断发展，由病原分离、电镜观察、免疫学检测等传统生物学方法发展到PCR技术、芯片技术、测序技术、质谱技术等分子生物学方法。
“因为引起疾病的病原体种类繁多，单一的平台技术不能解决所有问题，所以，我们的主要工作是利用各种平台技术对病原体进行筛查。”彭俊平介绍到，“多年来我们课题组一直致力于搭建一个病原体组合筛查技术体系，这也是我国在传染病防控领域的一个重要工作。
另外，我们利用多重PCR反应结合飞行时间质谱技术（以下简称：核酸质谱）在病原体检测领域开展了10多年的工作，这也是我们多年来的一个重点发展方向。”
核酸质谱是什么？彭俊平为笔者解答到，核酸质谱其实是基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF）在核酸水平的应用，是一种将多重PCR反应与质谱结合的复合技术。
此前，MALDI-TOF主要应用于蛋白质水平的微生物鉴定研究，应用发展不过30多年，而MALDI-TOF在核酸水平的相关应用则是近些年提出的概念，应用发展时间就更短。
最初，MALDI-TOF在核酸研究领域开展的应用是SNP基因分型，其首先通过PCR扩增含有SNP的基因组片段，再通过检测核酸分子在真空管中的飞行时间而获得样品分析物的精确分子量，从而检测出SNP位点信息。因为MALDI-TOF本身的高灵敏度和高通量等特点，使其非常适合应用于SNP多位点的筛查。而MALDI-TOF在病原体检测领域的研究则鲜少有报道。
彭俊平课题组是国内最早开展核酸质谱病原体检测研究的团队之一。“我们是在2009年引进的这个技术平台，正好是H1N1全球大流行的时候，当时核酸质谱的技术水平还不足以帮助我们开展相关工作，因此我们就开始自己开发方法。”
核酸质谱病原体检测的原理是利用MALDI-TOF检测多重PCR反应的产物，即单碱基延伸的产物质量大小，来判定检测靶基因的有无，从而进一步判定样本中目标病原体的有无。与传统的病原体检测技术相比，核酸质谱在灵敏度、检测通量以及操作简便性等方面均有一定优势。此外，核酸质谱检测的核酸序列均来源于公共数据库，不需要依赖其他的数据库。



开发7种人冠状病毒检测方法

经过多年的技术摸索，彭俊平团队利用核酸质谱在病原体检测领域做出了很多成果。最近其团队开发了7种人冠状病毒的检测方法，并申请了发明专利。
目前，已知可以感染人的冠状病毒共有7种，其中包括2003年的“非典”SARS冠状病毒、2012年在中东地区出现的MERS冠状病毒以及2019年12月爆发的严重性呼吸系统综合征冠状病毒SARS-Cov-2。
彭俊平介绍到，课题组是从2012年开始开展人冠状病毒的检测技术研究，其中一部分工作内容就是利用核酸质谱进行检测应用。该部分成果是与岛津公司合作开发的，利用一步法多重反应PCR与MALDI-TOF质谱联用鉴定7种人冠状病毒与新型冠状病毒的重要突变位点。
“本次合作中我们将多重PCR反应从两步法改进为一步法，既缩短了实验时间，又减少了人为操作的工作。而且我们改进的方法适用于所有的RNA病毒，可以说是摸索出了一种通用的解决方案。”彭俊平介绍到，“和岛津合作成果的应用价值很明确，我非常期待未来该方法的推广。接下来我们也将继续和岛津合作在MALDI-TOF平台上开发出更多病原体检测解决方案，并合力推动核酸质谱在临床领域的应用。”
笔者追问到目前国际上核酸质谱在病原体检测领域的应用现状如何？彭俊平坦言道，国际上相关的成果并不多，而团队于2009年就开展了相关研究，可以说是走在了国际前列。不过，目前核酸质谱病原体检测的应用还以科研阶段为主，临床应用正处于拓展阶段。
此外，彭俊平也谈到他认为核酸质谱走向临床所面临的瓶颈，一是MALDI-TOF本身的硬件设备比较贵；其次，基于MALDI-TOF平台提供给临床应用的成熟方法不多。
因此，核酸质谱这样的技术平台想要真正推广到临床，首先需要提供“一揽子”的解决方案，这样应用场景就会被打开。不过，彭俊平也观察到，无论国内还是国外，越来越多的团队和厂商开始关注这一领域，相信核酸质谱的临床应用情况将在短短几年之内得到很大的改变。
最后彭俊平表示，未来核酸质谱病原体检测值得重点关注的方向有呼吸道感染疾病、腹泻性疾病和性传播疾病等，其涉及的病原体种类繁多，是核酸质谱可以“大展身手”的方向。
后记

采访中彭俊平反复提到“病原体的组合筛查技术体系”，他也为笔者解释到，为了获取更全面的生物信息，往往需要多种技术平台共同解决问题，而不是希望用一个技术平台去解决所有的问题。
回到MALDI-TOF这一技术来说，总有人拿质谱与NGS测序相比较，其实它们的应用场景和目标都不一样，发展核酸质谱也并不是为了替代测序技术。
事实上，核酸质谱只需要在中高通量的检测中建立并巩固其“王者地位”，在此基础上能够再提升灵敏度和分辨率等性能，就为自身的发展开辟了新天地。

- END -

检验医师

先回应一下
@birdy diao的答案，PCR和测序当然可以作为体外诊断试剂的技术，举个例子，我们来看下三类体外诊断试剂的内容包括哪些:
第三类产品：
1．与致病性病原体抗原、抗体以及核酸等检测相关的试剂；
2．与血型、组织配型相关的试剂；
3．与人类基因检测相关的试剂；
4．与遗传性疾病相关的试剂；
5．与麻醉药品、精神药品、医疗用毒性药品检测相关的试剂；
6．与治疗药物作用靶点检测相关的试剂;
7．与肿瘤标志物检测相关的试剂;
8．与变态反应（过敏原）相关的试剂。
其中最明显的就是基因检测、药物靶点，现在就广泛在采用PCR与测序的方式进行检查。
先mark，回头回答题主问题

继续前进

谢邀
体外诊断，即IVD(In Vitro Diagnosis)，这是一个很大的方向。本质上所有在身体之外，通过某些生物样本（血液，体液，组织液等）进行生物体内及体表信息的获取，从而辅助医生进行病情的判断的这些方法都是体外诊断。目前医院大致开展的体外诊断有：
1、生化（血常规，尿常规，肝功能五项，肾功能五项等）：原理简单，在体内含量高，容易测量，国产化最深入的领域。
2、免疫（ELISA，化学发光）：化学发光逐步替代ELISA，流水线国外为主，国产竞争激烈。
3、分子诊断：主要技术有核酸分子杂交、聚合酶链反应和生物芯片技术。
4、其它凝血、微生物、组织活检、流式等。
PCR技术、测序和基因芯片，他们的主要区别在于。PCR，包括其它qPDR、dPCR以及LAMP、RPA等是利用酶进行核酸分子的扩增从而达到检测这个分子的目的，不同技术在于信号读取和反应条件不同，应用范围也有所差异。测序，包括一代，二代NGS，nanopore等是利用某种技术，把核酸分子的序列给测出来，从而得到基因的序列信息。基因芯片，是基于核酸分子链之间的互补关系去大规模的筛选出我们想得到的基因信息。
至于一代测序和二代测序，如果你不深究，可以理解为速度的准确度的提升。
核酸质谱，本质上就是MALDI-TOF-MS：基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱。

清风寡欲

你这个问题基本上是错的。体外诊断基本上是靠蛋白质相互作用，比如尿常规。
一代测序是sanger法，又叫双脱氧末端终止法，可以百度。
PCR技术全称聚合酶链式反应，可以百度。
二代测序，主要是国外illumina公司的仪器，大致原理网上有，没什么意义，具体细节不会告诉你的。常用于体外诊断。
核酸质谱没听过，应该就是普通的质谱，引物合成可以通过质谱检测，与体外诊断无关。