长read测序将颠覆测序界，或只是昙花一现？

检验之星

随着Illumina Hiseq X Ten的问世，千元基因组的构想已经实现，但是我们又得到了什么呢，二代测序技术又将何去何从？本文将带领你去发现长read测序的崛起。

在去年一次和 Pacific Biosciences的CEO  Mike的访谈中我第一次听到了“长read测序”的说法，我问他：“你怎么和有明显优势的 Illumina去竞争？”，他说：“短序列测序有明显的不足。”

毫无疑问，Illumina已经成为一个经典的成功案例，他们把测序价格降到1碱基只需要0.15美金，稳稳坐在测序老大的位置上，而且稳占诊断行业。这在测序业界已是公认的事实。

但是 PacBio的长序列测序却鲜为人知。 PacBio有一个艰难的开始，他们在通量上不敌 Illumina以致于失去了测序市场。事实上，PacBio不仅通量不够，而且错误率比较高。

然而，近几年我们却发现越来越多的科学家倾向于使用PacBio，他们不仅用它来进行无参考基因组的测序和组装，而且用于预测未知序列。近年来已经有越来越多的相关文章发表，从转录组到精确的人类基因组。

牛津大学的便携式纳米孔测序仪minION，以其长read测序给minION的试用者们带来震撼。在山景城的 Genia技术公司也在干同样的事情， Genia的 CEO表示他们的新技术能使每个run的读长达到百万碱基。

测序长度的增加将对科学研究有带来哪些革命性的改变？

带着这个问题我们访问了来自斯坦福大学的 Mike Snyder教授。

他已经使用PacBio测序技术研究转录组，并且发表了一些列文章。他的文章中指出使用 PacBio的长read测序，得到的序列完整覆盖一个RNA分子，从而弥补一些使用普通测序技术无法发现的区域。

一个目前大家关心的问题：PacBio的高错误率怎么办？

事实证明，即使 PacBio的错误率相对较高，但是测序错误是随机的，通过高深度测序便可以提高准确性。

随后我们访问了 PacBio的前CSO Eric Schadt，他最近正致力于把测序技术引用到临床诊断中。在他看来：“长read测序在完善基因组方面非常有帮助。我们忽略了很多基因组的结构特征，而这些特征和单碱基突变一样对人类疾病很重要，但是使用目前的短序列测序很难发现一些结构性的变化”

  

为了更好的帮助理解转录组和染色体的结构，我们使用长read测序进行了HLA的测序。 Dan Geraghty已经对HLA研究了很多年，他认为长read测序将会改变测序市场的游戏规则。

目前长read测序主要是被 PacBio公司统治。但是所有的科学家们都很乐意看到有新的长read测序技术的出现。目前还有牛津大学的纳米测序， Genia以及一些其他的公司。

那么，长read测序对二代测序的未来意味着什么，真的能够带来新的科学发现，还是只是昙花一现？

来源：测序中国