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[分享] 化石样本提取核酸指南

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发表于 2025-5-10 15:14 | 显示全部楼层 |阅读模式

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从化石样本中提取核酸是非常具有挑战性的,因为化石通常经过了数百万年的地质变化,导致核酸(如DNA和RNA)分解和降解。然而,科学家们已经在一些情况下成功提取了古代DNA(aDNA),尽管这些情况通常涉及相对较年轻的化石(如几千年到几万年的样本)而不是数百万年的古老化石。以下是一些与从化石样本中提取核酸相关的关键点和技术:
1. 样本选择

提取古DNA的成功率取决于化石样本的保存状况。冷冻保存、干燥环境或其他有利于保存生物分子的环境中的化石样本更有可能含有可提取的DNA。例如,冰冻的猛犸象或埋在干燥洞穴中的人类遗骸往往比暴露在潮湿环境中的样本更适合提取DNA。
2. 样本处理

在实验室中处理化石样本时,需要极其小心,以避免现代DNA的污染。化石样本通常需要在无菌条件下处理,使用专门的设备和技术来减少污染的风险。
3. DNA提取技术

从化石中提取DNA通常使用标准的DNA提取方法,但需要进行优化以应对古DNA的降解和低浓度问题。这些方法可能包括:

  • **去矿化处理:**使用EDTA等试剂去除样本中的矿物质,以释放DNA。
  • **使用专门的缓冲液和酶处理:**帮助溶解并提取降解的DNA片段。
4. DNA扩增与测序

由于古DNA通常高度降解,提取到的DNA片段非常短且数量少。因此,需要使用高灵敏度的扩增技术,如聚合酶链反应(PCR),来扩增这些DNA片段。随后,可以使用高通量测序技术对扩增的DNA进行测序。
5. 数据分析与验证

提取和扩增的DNA序列需要进行严格的分析和验证,以确认其来源于古代样本而非现代污染。生物信息学工具和比较分析可以帮助确定DNA的古代来源,并将其与现代和其他古代样本进行比对。
6. 成功案例

尽管提取古DNA极具挑战性,但科学家已经在一些情况下取得了成功。例如,从尼安德特人和丹尼索瓦人的骨骼中提取并测序了DNA,这些化石样本的年代大约在几万年前。此外,还从古老的动物(如猛犸象、洞穴熊)和植物化石中成功提取了DNA。
限制和挑战

从数百万年前的化石中提取DNA几乎是不可能的,因为在如此长的时间内,DNA会完全降解。古DNA研究通常限制在几万年内的样本。极端的环境条件、如高温和高湿度,会加速DNA的降解,进一步限制了可提取古DNA的化石样本的种类和数量。
总之,虽然从化石样本中提取核酸存在很多挑战,但在某些情况下,特别是保存状况良好且年代相对较近的化石样本中,成功提取和分析古DNA是可能的。这种技术为古代生物学和进化研究提供了宝贵的信息。

原文地址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/698474242
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